تُشكّل المسيحية في جيبوتي ثاني أكثر الديانات انتشاراً بين السكان بعد الإسلام، وفقاً لتقديرات مركز بيو للأبحاث.
حيث عام بلغت نسبة أتباع الديانة المسيحية حوالي 2.3% من السكان أي حوالي 20,000 شخص،في حين وفقًا لكتاب حقائق العالم عام 2013 بلغت نسبة أتباع الديانة المسيحية حوالي 6% من مجمل سكان جيبوتي أي حوالي 25,000 نسمة، ومعظم المسيحيين هم من أصول إثيوبية وأوروبيَّة. وينتمي معظم المسيحيين لكنيسة التوحيد الأرثوذكسية الإثيوبية أو الكنيسة الرومانية الكاثوليكية.(اللاتين)
كانت الأراضي الجيبوتية جزء من دولة مسيحية قبطية قد تكونت على المرتفعات عرفت بالامبراطورية الحبشية. ومع مجيء الإسلام، فقد كانت هذه الأراضي لقربها من الشرق إحدى أول المحطات لنشر الدين الجديد بين القرن الثامن والعاشر حيث شكلوا سلطنات وممالك إسلامية.
يعود تاريخ المسيحية الحديث في البلاد مع وصول الفرنسيين، الذين حصلوا على موطئ قدم في المنطقة عام 1883 والتي أصبحت تُسمى «أرض الصومال الفرنسية.
في عام 1894 أرسلت الكنيسة الرومانية الكاثوليكية كاهنها الأول من الجزيرة العربية إلى جيبوتي عام 1883.
وفي عام 1940 أسست الكنيسة الفرنسيَّة أولى كنائسها في البلاد، كما أنشأت كنيسة التوحيد الأرثوذكسية الإثيوبية عدد من التجمعات الدينية في البلد.
وتحظى الكنيسة الرومانية الكاثوليكية والبروتستانتية والإثيوبيَّة الأرثوذكسيَّة واليونانيَّة الأرثوذكسيَّة باعتراف الحكومة وتعمل بحرية في البلاد.
ينص دستور جيبوتي على حرية الدين، وذلك على الرغم من أنه ينص على أن الإسلام هو دين الدولة.
على الرغم من أن الموقف العام متسامح بين الأديان ومع المسيحية، الأ أنَّ تبشير المسلمين غير مسموح به، ويتعرض المتحولون من الإسلام إلى المسيحية للعديد من المشاكل.
أقل من 2% من الصوماليين في جيبوتي هم من المسيحيين، ولكن العديد من الإثيوبيين في جيبوتي هم من المسيحيين.